Οι κακοήθεις όγκοι, αφαιρούνται με χειρουργική επέμβαση είτε ανοιχτά είτε λαπαροσκοπικά, σε συνδυασμό με ακτινοθεραπεία και χημειοθεραπεία. Η έκταση του χειρουργείου θα εξαρτηθεί από το στάδιο της νόσου και την τοπική επέκταση του όγκου. Αν η νόσος είναι προχωρημένη, η χειρουργική επέμβαση μπορεί να στοχεύσει στην αφαίρεση των μεταστατικών αλλοιώσεων.

Η ακτινοθεραπεία μπορεί να παρέμβει προεγχειρητικά ώστε να καταστεί δυνατή η επέμβαση, αλλά και μετεγχειρητικά, για τον τοπικό έλεγχο της νόσου.

Τα τελευταία χρόνια, στις θεραπευτικές επιλογές στον καρκίνο του παχέος εντέρου έχουν προστεθεί επίσης βιολογικοί παράγοντες και η ανοσοθεραπεία.